Seit 1958 gehörte die Auto Union GmbH zu Daimler Benz. 1964 übernahm Volkswagen das Ruder. Der erste Wagen, der nach dem Krieg wieder den Namen Audi trug, leitete das Ende der Zweitaktära in Ingolstadt ein. Mit dem später Audi 72 genannten Modell beginnt bei der Auto Union die Ära der sogenannten Mitteldruck-Motor-Modelle: Audi 80, Audi Super 90, Audi 60 und Audi 75 – erhältlich als zwei- und viertürige Limousinen, sowie unter dem Namen Variant auch in einer Kombi-Version – liefen durchaus respektabel.
Doch der von Mercedes Benz zur Auto Union gewechselte Technikchef Dr. Ludwig Kraus sah in diesen Modellen keine echten Audis. „Bastarde“ nannte er die aus DKW Karosserie und Mercedes Benz Motor entwickelten Mitteldruck-Modelle gerne auch. Das Rückgrat der Produktion in Ingolstadt war nach wie vor der VW Käfer und die Gefahr groß, dass die vier Ringe vom Dach kommen und am Ende die VW-Fahne gehisst wird. „Volkswagen-Werk 6“ hieß das Gespenst, vor dem man in Ingolstadt zitterte. So war es verständlich, dass Volkswagen auch kein besonderes Interesse an eigenständigen Neuentwicklungen der Auto Union hatte. Der offizielle Auftrag der Wolfsburger an die Ingolstädter Techniker sah nur die Betreuung der laufenden Modelle vor, nicht mehr.
Auch für Dr. Ludwig Kraus war klar, dass auf diesem Weg die Marke Audi nicht überleben wird. Dafür war ein grundlegend neues Modell erforderlich, das die Ingolstädter jedoch nicht bauen durften. Die Anweisung aus Wolfsburg war unmissverständlich. Ungeachtet dessen und getreu dem Motto „Daumen drehen kann ich auch woanders“, begann Kraus ab Mitte der Sechziger – ohne Wissen von VW und auch ohne Wissen von Auto Union Chef Rudolf Leiding – mit dem Entwurf eines neuen Modells: den ersten selbstentwickelten Audi nach dem Krieg. Kraus wollte ein deutlich größeres Auto entwerfen als bisher. Es sollte einen kräftigen, aber vor allem sparsamen Motor bekommen, leichter sein als alle Konkurrenten und bei gegebener Motorleistung besser beschleunigen und es sollte am Ende auch eine strömungsgünstige Karosserie bekommen. Um dies alles zu entwickeln blieb nur der Weg in den Untergrund.
Trotz aller Vorsicht entdeckte Leiding die Arbeit an diesem Mittelklassewagen am Ende - rein zufällig. Er fand eine 1:1-Plastilinstudie versteckt hinter einem Vorhang in der sogenannten „Stilhalle“. Nach anfänglichen Unmut und Angst vor den drohenden Konsequenzen aus Wolfsburg, erkannte er das Potential dieses Wagens und war schließlich dennoch begeistert: „Von dem machen wir 300.000 Stück!“ . Doch zur weiteren Entwicklung war die Zustimmung des Vorstandsvorsitzenden der Volkswagen AG, Dr. Heinrich Nordhoff, unumgänglich. Leiding lässt sich von Wolfsburg zunächst „Karosserieänderung“ genehmigen und bittet dann zur Abnahme nach Ingolstadt. Nach bangen Minuten, in denen Dr. Nordhoff den neuen Audi umrundet und begutachtet hatte, folgte die Erlösung mit knappen Worten: „Herr Leiding, grünes Licht für diesen Wagen“.
Unter der Bezeichnung F104 konnte nun die Entwicklung des Audi 100 bis zur Serienreife offiziell weiterbetrieben werden. Das Ergebnis wurde im Herbst 1968 vorgestellt. Der neue Audi war von Beginn an ein riesiger Erfolg. Seine Produktion löste die Käferfertigung in Ingolstadt ab und sicherte die Eigenständigkeit der VW-Tochter. Bis zum Auslaufen der ersten Audi 100 Generation 1976 wurden mehr als 880.000 Stück gebaut und alle Prognosen weit übertroffen.